Камъните в пикочния мехур обикновено започват да се образуват, когато пикочния мехур не се изпразва напълно. Останалата в мехура урина остава и започва да образува кристали, които в даден момент се превръщат в камъни. В повечето случаи това е и основна причина мехура да не се изпразва изцяло.

Най-честите причини, причинияващи появата на камъни в пикочния мехур са:

• увеличение на простатата – увеличената простата (доброкачествена простатна хиперплазия) може да причини камъните в пикочния мехур при мъжа. Когато простатата се увеличава, тя притиска уретрата и да прекъсне потока на урината и така тя да се задържа в пикочния мехур
• увредени нерви (неврогенен пикочен мехур) – при нормално състояние, чрез нервите мозъка изпраща сигнали към мускулите на пикочния мехур дали да се свият или отпуснат. Ако тези нерви са увредени – от сърдечен удар, увреждане на гръбначния мозък или друг здравословен проблем, пикочния мехур може да не се изпразва напълно.

Други причини, които могат да причиният камъните в пикочния мехур са:

• възпаление – ако пикочния мехур е възпален, могат да се образуват и камъни. Инфекции на пикочните пътища или рентгенови терапии на  тазовата област също могат да причиняг възпаления на пикочния мехур.
• медицински приспособления – понякога катетъра, тънката тръбичка, която се поставя в уретрата, за да може да преминава урината от мехура, също може да причини камъни в пикочния мехур. Същото могат да причинят и обекти случайно достигнали до мехура – средства за контрацепция или стент. Минералните кристали, които впоследствие се превръщат в камъни, могат да се образуват по повърхността на такива приспособления.
• камъни в бъбреците – камъните образуващи се в бъбреците не са същите като тези образуващи се в пикочния мехур. Те се образуват по различен начин и често поради различни причини. Понякога малки камъни в бъбреците могат да преминат от уретерите в мехура и ако не се изхвърлят, могат да се превърнат в камъни в пикочния мехур.